Евгению Бабушкину 45 лет, он коренной томич. По первому образованию – судоводитель (окончил Калининградское высшее инженерное училище). По второму, после защиты диплома в ТГУ, – экономист. Имеет степень кандидата экономических наук.

Карьеру начал в 1994 году в акционерном социальном банке «Томск-Резерв», в котором прошел путь от экономиста до заместителя председателя правления банка. Затем занимал руководящие посты в коммерческих банках, а также в органах государственной власти Томской области. Последние восемь лет возглавлял томский филиал банка ВТБ.