Пассажиропоток Аэропорта ТОМСК по итогам 2016 года увеличился на 8,3%, по сравнению с аналогичным периодом 2015 года и составил 553470 человек.

Количество пассажиров на внутренних воздушных линиях (с учетом транзита) составило 526 059 человек (зафиксирован рост показателей на 10,7 %), на международных – 27 411 человек (снижение на 23,6 %). Снижение международного пассажиропотока обусловлено объективными причинами: прежде всего — ростом курсов иностранных валют и как следствие — падением популярности поездок за границу, а также запретами полетов в Турцию и Египет. Увеличение пассажиропотока по внутренним направлениям обусловлено расширением маршрутной сети, популярностью маршрутов, удобными стыковками и доступными субсидируемыми тарифами, что стало возможным благодаря программе государственной поддержки развития региональных рейсов, в которой участвует Томская область. Открыты новые региональные рейсы в Екатеринбург, Иркутск и Тюмень (с 31 октября). Развивались существующие направления региональных рейсов в Красноярск, Иркутск, Абакан, Барнаул, Стрежевой, Сургут, Нижневартовск. На многих направлениях значительно (более чем в 2 раза) увеличилась частота полетов. Авиакомпания «Уральские авиалинии» приступила к выполнению рейсов в Москву и Санкт-Петербург. В летний период развивались перевозки на курорты России: Симферополь, Сочи, Анапу. Количество рейсов в Анапу выросло в 2 раза.

В 2016 году было произведено 4 251 взлетно-посадочная операция, что на 17,4 % больше, чем в 2015 году. Общий объем грузоперевозок составил 2 105 тонн.( увеличение на 4,6%).