Контрольная палата как орган государственного финансового контроля образована постановлением Государственной думы Томской области от 21 февраля 2002 года. Ранее контролирующие структуры создавались исполнительной властью для внутреннего аудита, администрации проверяли себя сами по исполнению бюджета.

Контрольно-счетная палата выполняет внешний – парламентский – финансовый контроль за использованием бюджетных средств областного бюджета, бюджета Томского территориального фонда обязательного медицинского страхования, местных бюджетов – получателей межбюджетных трансфертов из областного бюджета, а также за использованием областной собственности.

С 2002 по 2011 год палатой было проведено 244 контрольных и экспертно-аналитических мероприятий. По итогам этой работы в бюджетную систему возвращено от нарушителей 180 млн рублей, к 116 должностным лицам руководителями исполнительных органов власти применены меры дисциплинарной и административной ответственности. По 38 проверкам материалы были направлены в правоохранительные органы. Часть нарушений была устранена в ходе контрольных мероприятий.

Многие замечания и предложения контрольно-счетной палаты, изложенные в отчетах и заключениях, учтены при подготовке законопроектов Томской области.