По результатам последних лабораторных исследований качество воды не соответствует требованиям санитарного законодательства по микробиологическим показателям в следующих водоемах: р. Томь, правый и левый берег (в районе коммунального моста),

р.Томь, речной вокзал, р. Нестоянка, озеро Песчаное, озеро п. Черная Речка, озеро п. Кисловка, р. Бурундук (с. Борики), р. Обь (п. Победа).

В реке Басандайка, р.Ушайка (п.Заварзино) качество воды отвечает санитарным нормам.