На начало 2012 года задолженность томских предприятий перед ПФР составляет 631 млн рублей, в том числе 541 млн – на обязательное пенсионное страхование, 90 млн – в федеральный и территориальный фонды ОМС. В числе должников числятся 395 страхователей-работодателей, задолжавших более 100 тыс. рублей.
| Район | Наименование | Руководитель | Долг | |||
| ОПС | Долг ФФОМС | Долг ТФОМС | Долг всего, тыс. руб. | |||
| Томск | ОАО «ТЭЛЗ» | Ю.И. Пономарев | 59 553 | 5 029 | 5 295 | 69 878 |
| Томск | ООО «ТБНГ-бурение» | А.А. Бегляров | 36 851 | 3 557 | 2 654 | 43 062 |
| Томск | ООО «СУ-13» | В.М. Замощин | 27 367 | 2 367 | 2 667 | 32 401 |
| Томск | ОАО «Сибэлектромотор» | К.Р. Нотман | 25 432 | 2 780 | 1 695 | 29 907 |
| Томск | ОАО «ТПО «Контур» | И.И. Иткин | 23 867 | 2 253 | 2 030 | 28 149 |
| Томск | ОАО «ТЗИА» | В.С. Дерганов | 13 502 | 1 169 | 1 180 | 15 852 |
| Томск | ООО «СТУ-ТРАСТ» | В.Г. Носов | 13 002 | 1 312 | 1 086 | 15 400 |
| Северск | ЗАО «Северскстекло» | А.В. Дудоладов | 10 118 | 1 390 | 1 228 | 12 736 |
| Асино | ООО « АТК» | О.А. Кузьмин | 9 872 | 686 | 246 | 10 803 |
| Томск | ЗАО «Томский подшипник» | Н.С. Тузиков | 8 760 | 720 | 790 | 10 270 |
| Томск | ООО «Стройтех» | С.Г. Тенигин | 8 263 | 538 | 730 | 9 531 |
| Томск | ООО «Томскбурнефтегаз» | В.А. Собралиев | 8 139 | 775 | 203 | 9 117 |
| Томск | ОАО «Томский кондитер» | Д.С. Колчин | 5 749 | 405 | 457 | 6 611 |
| Северск | ООО «КЖБИ «Химстрой» | А.Г. Разуваев | 5 482 | 599 | 512 | 6 593 |
| Томск | ОАО «ФСК «Газхимстройинвест» | С.В. Звонарев | 5 106 | 431 | 456 | 5 994 |