Пассажирские перевозки между городами Томск и Северск осуществляют маршруты № 400, 401, 405, 442. Цена складывается из трех величин: стоимость по городу Томску, по городу Северску и проезд между двумя муниципальными образованиями. Стоимость проезда внутри городов утверждают администрации Томска и ЗАТО Северск. Предельная стоимость проезда между муниципалитетами (от остановки «ЦКПП» до остановки «Поселок Свечной») определяет департамент тарифного регулирования Томской области.
Предельная стоимость проезда по межмуниципальному маршруту Томск-Северск была установлена 10 марта 2013 года и до 2015 года не повышалась. Цена проезда по Томску и Северску в течение этих двух лет дважды увеличивалась органами местного самоуправления. В Томске в июне 2013 года цена выросла с 12 до 15 рублей (на 25 %), в январе 2015 года — до 17 рублей (на 13 %). В Северске с 1 декабря 2014 года проезд подорожал с 10 до 12 рублей (на 20 %). Кроме этого, в 2013-2015 году выросла стоимость ГСМ, запчастей, проиндексирована зарплата водителей.
С 19 мая 2015 года утвержденный предельный уровень стоимости проезда по маршрутам № 405 и № 442 от Северска до Томска составляет 33 рубля, по маршруту № 401 от Северска до поселка Зональная Станция — 34 рубля. Такой уровень сложился из цены проезда по Северску (12 рублей), Томску (17 рублей) и межмуниципальным зонам: от остановки «ЦКПП» до остановки «Поселок Свечной» (4 рубля) и от остановки «Южная» до поселка Зональная Станция (1 рубль).
«Департамент тарифного регулирования установил предельную общую стоимость проезда, при этом перевозчики имеют право назначить более низкую цену, — пояснила начальник департамента Марина Вагина. — Бюджет Томской области возмещает часть затрат на перевозку льготников по единому социальному проездному билету (ЕСПБ), за счет чего перевозчики маршрутов Томск-Северск применяли цену ниже максимальной ко всем пассажирам».
В июле 2015 года перевозчики выступили с инициативой увеличить стоимость проезда между Томском и Северском. Причины такого решения — рост цен на ГСМ и летнее снижение пассажиропотока, которые не компенсируются доходами от перевозки льготников. Предварительная дата повышения тарифов была назначена на 13 июля.
«По итогам совещаний с перевозчиками достигнута договоренность о том, что до 1 августа тарифы на перевозку останутся на прежнем уровне. До этого срока будут решаться вопросы компенсации расходов перевозчиков, в том числе за счет изменения условий обслуживания пассажиров с ЕСПБ», — сообщила Марина Вагина.