Михаил Пономаренко родился в Томске в 1976 году в Томске. Окончил ТПУ по направлениям «менеджмент» и «информационные системы в экономике», в 2001 году получил экономическое образование в ТГУ по направлению «финансы и кредит». С 1997 по 2002 год работал в банковских структурах, затем — управляющим делами ОАО «Томскнефть» ВНК, по совместительству — директором нескольких коммерческих предприятий. В 2009 году перешел на работу в Томский политехнический университет, где до 2012 года возглавлял управление государственными заказами и управление материально-технического обеспечения. До назначения начальником областного департамента госзаказа работал заместителем генерального директора по организационным вопросам ЗАО «Сибирский центр логистики». Женат, воспитывает двух сыновей и дочь.

Напомним, ранее департамент госзаказа возглавлял Александр Федотов, покинувший пост по собственному желанию.