На экологическую реабилитацию озер и прудов, регулирование участков русла реки Ушайки, создание водоохранных и прибрежных защитных зон из федерального бюджета регион привлек более 60 млн рублей.
18 млн рублей из средств федеральной субвенции выделено на регулирование трех участков реки Ушайки протяженностью 600 метров в черте Томска. В течение трех лет работы проведут на восьми участках, вложив в общей сложности около 52,5 млн рублей. Еще 279 тыс. рублей федеральная казна выделила на предпаводковое и послепаводковое обследование Ушайки также в черте областного центра.
В нынешнем году продолжится расчистка от донных отложений и восстановление одного из самых загрязненных водоемов Томска — озера Керепеть (стоимость работ в 2014–2015 годах составит 24,5 млн рублей, 5 из них — в 2014-м). 2 млн рублей израсходуют на установку границ водоохранных зон и прибрежных защитных полос на реке Обь, протоках Матьянга, Тогурская Кеть, Копыловская Кеть в черте населенных пунктов от села Жукова Кривошеинского района до села Соснина Александровского района.
Кроме того, Томская область вошла в федеральную целевую программу «Развитие водохозяйственного комплекса РФ», в рамках которой в 2014 году запланированы работы на 44,7 млн рублей (75 % — за счет федерального бюджета). Деньги будут направлены на восстановление и экологическую реабилитацию пруда Корниловского (выемка 14,3 тыс. тонн донных отложений), озера Больничного в деревне Лоскутово (3,8 тыс. тонн) и озера Ботанического в микрорайоне Мокрушинском Томска (25,9 тыс. тонн). На 2015 год запланирована биологическая очистка этих водоемов — высадка водного гиацинта и зарыбление растительноядными видами рыб (толстолобик и белый амур).