На лицевой стороне полотнищ знамён, в центре, — главная фигура Государственного герба Российской Федерации, золотой двуглавый орёл, увенчанный одной большой и двумя малыми коронами и другими атрибутами.
Знамена территориальных органов ФССП России отличаются от главного знамени оборотной стороной. В центре полотнища знамени УФССП России по Томской области — эмблема в виде фигурного щита с элементами герба Томской области.
В дни проведения коллегии по итогам работы за 2013 год УФССП России по Томской области знамя Управления торжественно было установлено на место постоянного хранения в холле Управления в г. Томске по ул. Пушкина, 65.
Новое знамя останется в Управлении навсегда.