Андрей Юрьевич Макасеев родился в Томске в 1972 году. Окончил Томский политехнический университет по специальности «химическая технология редких и рассеянных элементов и металлов на их основе». Кандидат технических наук.
С 1998 работал в Северском технологическом институте: старшим преподавателем, заведующим кафедрой, проректором. С 2010 года — заместитель руководителя СТИ НИЯУ «МИФИ» по информатизации и стратегическому развитию.