Анализ состояния законности в этой сфере  свидетельствует о многочисленных нарушениях. Выявлены факты неправомерного распоряжения памятниками, непринятия мер по постановке на государственный кадастровый учет и регистрации прав на земельные участки, занимаемые этими объектами. Многие памятники истории и культуры эксплуатируются с нарушением требований пожарной безопасности, без оформления охранных обязательств и проведения ремонтно-реставрационных работ, ряд объектов находится в крайне неудовлетворительном состоянии, вскрыты факты ведения строительной деятельности в границах охранных зон памятников. Подавляющее большинство объектов культурного наследия, в том числе находящихся в федеральной собственности, собственности Томской области, частной собственности, не имеют информационных надписей с указанием сведений о наименовании объекта, времени возникновения или дате создания, времени связанного с ним исторического события, категории историко-культурного значения объекта.
Вскрыты многочисленные нарушения законодательства о защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, допускаемые сотрудниками Департамента по культуре Томской области при осуществлении мероприятий по государственному контролю.
Проверка показала, что к числу основных проблем, характерных в настоящее время для Томской области, относятся отсутствие в отношении многих памятников охранных зон, охранных обязательств собственника (пользователя), ненадлежащее исполнение собственниками бремени содержания имущества, относящегося к объектам культурного наследия, в том числе по проведению ремонтных и реставрационных работ.
Департаментом по культуре Томской области, являющимся уполномоченным органом контроля в указанной сфере, не обеспечена надлежащая охрана объектов культурного наследия федерального значения, расположенных на территории региона, что ведет к их разрушению.
По итогам проверки 14.09.2012 заместителем прокурора области Игорем Кошелем начальнику Департамента по культуре Томской области внесено представление, в котором поставлен вопрос о принятии конкретных мер по устранению нарушений, причин и условий, им способствующих, привлечении виновных лиц к дисциплинарной ответственности. Одновременно прокуратурой области в Советский районный суд г.Томска направлено исковое заявление о возложении на указанный орган обязанности организовать разработку проектов зон охраны объектов культурного наследия )памятников истории и культуры) федерального значения.
Всего по результатам проверки с целью устранения выявленных нарушений прокурорами внесено 18 представлений, вынесено 8 постановлений о возбуждении дел об административных правонарушениях. По инициативе прокуратуры г.Томска возбуждено и расследуется уголовное дело по части 2 статьи 243 Уголовного кодекса РФ (уничтожение или повреждение памятников истории и культуры) по факту повреждения памятника федерального значения, расположенного по пр.Ленина,83 в г.Томске («Аптекарский магазин Флеера Г.Ф.»).